TCGA癌症临床数据资源全面介绍---癌症研究成果领域的全谱！

2006年，腺脾癌遗传物质所示谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划以多形功能性胶质母蛋白质结节（GBM）、脾粒状蛋白质胰脏（LUSC）和卵巢氯化钙功能性囊腺胰脏（OV）开始月末3年的试行重大项目，2009年~2015年年初展开。到重大项目截止，TCGA网络研究课题工先为者已描绘了33种腺脾癌特功能性10,000余则有患病症的甲状腺分子结构特点，并界定了很多甲状腺分子结构患病毒功能性。TCGA包括的诊断关键特点象征性时数间推移的接收者借助。为确保正确用作这些更有遗传物质特点的海量诊断接收者，最近TCGA完成一批重大成果，发备注在CellPress旗下的期刊。

本文对4同月5日发备注Cell上的一文来进行编译。书评详述以OS（总求生存期）、PFI（无方面每条）、DFI（盖因每条）和DSS（结核患病相关能活）为四个主要诊断结果起始站的TCGA蓝绿腺脾癌诊断接收者能源（TCGA-CDR）基准化接收者库，并说明了了每种腺脾癌特功能性的起始站用作提议。TCGA诊断接收者可从遗传物质接收者总计享空数间（GDC）门户网站浏览，所有的分子结构接收者在浏览。诊断接收者和分子结构接收者用作或多或少的QR结构，便于患病症的诊断资讯和结果显示分子结构接收者为基础。

TCGA蓝绿胰脏接收者库缓冲区特点

所示1A为诊断接收者为基础和量化方法及4个主要诊断起始站引申和检验的流程所示,对33份初始登记和97份后续接收者文件，总计33种腺脾癌特功能性111,60则有腺脾癌患病症的资讯来进行了管控。备注1为每个TCGA缓冲区的基本特点。按原发甲状腺结果显示根据分子结构特点崭露头角每个缓冲区，皮肤阿兹海默（SKCM）的原发和移往圹两种特功能性都有，其它极少数甲状腺的原发与移往特功能性也有研究课题。

所示1. 诊断接收者为基础和量化方法及4个主要诊断起始站引申和检验流程所示

备注1. TCGA 蓝绿胰脏缓冲区特点

诊断结果起始站OS、PFI、DFI和DSS

总求生存期（OS）很不可或缺，优点是界定OS流血事件时模糊功能性最低。但用作OS先为起始站确实削弱诊断研究课题，因为非胰脏死因不一定能反映单单甲状腺生命体学、蹂躏功能性或对疗法纾缓。用作OS或须极短的随访一段时数间；很多诊断试验之中，通常采用相对随访一段时数间较短的DFI或PFI。针对现有TCGA诊断接收者，要认识到短时诊断随访每条在蹂躏功能性腺脾癌特功能性结果的不可或缺功能性，因为确实几年内就辨别到诊断流血事件，在生还同一时数间已再次单单现患病情开刀或方面。对蹂躏功能性较弱的腺脾癌特功能性，患病症在数十乃至几十年后开刀，随访期数间确实无法辨别必要流血事件以支持者精确结果供判别。该量化的目的是体检TCGA蓝绿胰脏诊断口服检测的相对优势和不足，指导无论如何的量化和避免随访每条一段时数间不足等缺陷。

量化全部TCGA诊断接收者后，结论如下：在接收者可获得时，OS、PFI及DFI相对精确，但基本上情形必需估计DSS。所示1B为33种有所不同腺脾癌特功能性的OS K-M椭圆。尽管求生存量化不是TCGA主要期望，基本上腺脾癌特功能性求生存椭圆与过去检验有所不同求生存起始站的独立研究课题不尽有所不同，GBM、OV（2008, 2011）和低级别胶质结节（LGG）（2015）的TCGA结果就是最差则有证。PFI、DFI和DSS的K-M椭圆见所示1C–1E。

所示1 B-E诊断接收者量化

基于每种腺脾癌特功能性4个起始站的辨别一段时数间测算千分之随访一段时数间及流血事件或体检的之中位一段时数间（备注2）。所有甲状腺的之中位随访一段时数间为22.1个同月，但有所不同特功能性腺脾癌该一段时数间差别前所未有；GBM和急功能性髓系白血患病（LAML）最短大约12个同月，而消化道嫌色蛋白质胰脏（KICH）最长大约48个同月。

备注2 上都之中位随访一段时数间及4个起始站的流血事件与辨别之中位一段时数间

中选用作的诊断结果起始站

诊断结果起始站自由选择取决于研究课题期望、流血事件总数、缓冲区大小和结果接收者运动速度。将这些方法和开发的其它方法先为为对单个结核患病接收者库的试验和可用体检，说明了在每种结核患病特功能性之中用作每个结果起始站的提议及缘故（备注3）。每种腺脾癌特功能性的求生存起始站必需数通过一个主要试验和可用体检才被接受。33种胰脏之中的13种用作全部4个起始站：鼻腔尿路上皮胰脏（BLCA）、宫颈粒状蛋白质胰脏（CESC）、结肠胰脏（COAD）、食管胰脏（ESCA）、头颈部粒状蛋白质胰脏（HNSC）、消化道疣蛋白质胰脏（KIRP）、脾腺胰脏（LUAD）、LUSC、OV、胰腺胰脏（PAAD）、肉结节（SARC）、小肠腺胰脏（STAD）和子宫内膜胰脏（UCEC）。也就是说，不能一个起始站的有嗜铬蛋白质结节和副神经节结节（PCPG）。淋巴甲状腺有如大B蛋白质肿瘤节（DLBC）、LAML和褶腺结节（THYM）仅仅一个起始站；剩余腺脾癌特功能性2或3个起始站，但其之中一些持保留异议。最精确的是PFI，可无保留地中选给除LAML（无接收者）、DLBC和KICH（严厉用作）和PCPG（不中选）以外的4种甲状腺。

备注3 起始站OS,PFI,DFI及DSS的检验与中选用作

验证TCGA-CDR及案则有应用

在乳腺胰脏研究课题之中，甲状腺激素ER阴功能性患病症诊断求生存期预后比ER+甲状腺患病症差。分别用OS、PFI、DFI和DSS比较这两类甲状腺患病症的求生存期（所示3A–3D；椭圆截止于10年随访一段时数间，但用作整个接收者库来进行量化）。单状况量化推断，用作PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）先为为诊断起始站，TCGA之中ER+乳腺胰脏患病症比ER-患病症有能够的求生存期，但用作OS时两类患病症数间不总计存差别(p = 0.097) 。此以外，两类患病症的DSS（p = 0.009）有非常大差别，暗示DSS的潜在价取值。以上见到证明了PFI和DFI是特定特功能性乳腺胰脏分子结构研究课题的适当起始站。

所示3 验证和应用实则有

此以外还验证了蹂躏功能性GBM求生存结果起始站。TCGA之中GBM之中位OS为12.6个同月，介于在此之同一时数间报道的基准疗法的12.1个同月和基准疗法联合替莫唑胺的14.6个同月二者之数间。之中位PFI是6.1个同月，介于在此之同一时数间报道的基准疗法5个同月和基准疗法联合替莫唑胺的6.9个同月二者之数间。似乎，TCGA接收者库OS和PFI流血事件一段时数间与文献完全一致。再次印证OS和PFI先为为GBM分子结构研究课题的诊断起始站效度。

用Cox人口比则有后果重返仿真确定高期（III、IV期）相对低期（I、II期）腺脾癌患病症的后果比（HR），验证4个起始站的TCGA-CDR接收者。由于DFI界定与其它结果的界定不完全一致，对中选用作OS、PFI和DSS的14种特功能性腺脾癌比较logHR（备注3）。随后仅仅对保证Cox人口比则有后果推论的结核患病来进行粗略估计（所示3E–3G）。结果暗示，14种特功能性腺脾癌之中，除数间皮结节（MESO）、PAAD和葡萄膜阿兹海默（UVM）以外，高期对比低期HR在3个中选起始站OS、PFI及DSS上显著偏高。采用配对结果显示的Wilcoxon秩和检验，当用作PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）探测时，logHR有非常大差别，推断结核患病方面和求生存起始站在HR上总计存系统偏移；OS与DSS二者之数间不能非常大差别（p = 0.106）。对2个logHR取值的基准误来进行逆加权确定Pearson相关系数， 由logHR估计的3种结果有极非常大正相关：PFI和OS相关系数0.96（95%置信区数间[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区数间：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区数间：0.61–0.98）。这些相关功能性潜在支持者诊断早期用PFI，后期用OS和DSS动手起始站。

除了为基础分子结构接收者，还尝试量化首次疗法后盖因患病症与非盖因患病症到底再次单单现有所不同的新甲状腺流血事件。TCGA-CDR之中29类腺脾癌接收者用以应对该问题，纳入患病症从诊断到完成首治并达到盖因正常数能活3个同月。以LUSC为则有，有289则有盖因患病症和41则有依然非盖因患病症，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox人口比则有后果重返仿真，见到在非盖因患病症之中NTE后果非常大高于盖因患病症（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR微调q取值＜0.05）。在另以外21种腺脾癌特功能性之中也有有所不同结果（备注4）。只剩7种甲状腺之中不能辨别到这些差别。我们也在检验到底每个仿真都保证人口比则有后果推论，其之中有两个不符合，必需研究课题一段时数间依赖及多给定仿真来寻找缘故。

备注4 非盖因与盖因患病症NTE发展对比

TCGA从全球数百个之中数间站借助患病症，为应对诊断接收者有所不同之中数间站数间的可比功能性，须慎重考虑接收者完整功能性、甲状腺和患病症特点等。对每种结核患病而言，我们对比了同一时数间两名发放患病症数最多的该组织举则有之中数间站（TSS）与所有其它TSS的同种结核患病及4个结果起始站（备注5）。

备注5 对来自同一时数间两位TSS的每个腺脾癌特功能性研究课题结果来进行比较

对于GBM等极更有蹂躏功能性的甲状腺，同一时数间两位TSS（#1和#2）的确诊老年人与其它TSS相比有所不同的有OS、PFI和DSS，因流血事件实在少难以量化不中选DFI动手起始站。BRCA等较高蹂躏功能性甲状腺，强力中选用作PFI和DFI，但提议严厉用OS或DSS检验。TSS #1的诊断接收者归因于不实在好的OS和DSS，但不能辨别到PFI差别；另以外，备注面上TSS#1有能够的DFI结果，仅仅再次单单现3则有 DFI流血事件。这种备注里不一的现象暗示该之中数间站的结果接收者须全面检验。另一方面，TSS #2的4个起始站结果与其它人口众多完全一致。

这个简便的结果比较暗示，当从特定结果量化整体TCGA的诊断接收者时，必需慎重考虑TSS的明确接收者。由于年纪、甲状腺分期/国际标准及疗法等状况负面影响有所不同TSS患患病童群的起始站结果，TSS可以先为为这些和不完全诊断注释等其它没探测差别的替代。

潜在的混杂状况、竞争性结果的

后果及仿真推论

对诊断求生存起始站量化来说，提议用作所管控的全部诊断接收者。但相比分子结构/遗传物质接收者的为基础量化，要肯定两个方面。首先，中选异议基于曲率半径求生存仿真，以分子结构患病毒功能性先为数据分析备注征划分结果显示集，有确实破坏结果粗略估计的非常大功能性差别。因此，从互不关联的TCGA分子结构接收者或甲状腺患病毒功能性TCGA-CDR结果接收者之中得单单的结论须在独立的甲状腺接收者库之中全面证明。

第二，我们提议仅仅用作原发甲状腺的分子结构接收者，因为患病症初诊时，不可或缺一段时数间接收者等归一化的诊断接收者已借助相对完整。皮肤阿兹海默（SKCM）在TCGA甲状腺特功能性之中更加一般来说，470则有甲状腺之中仅仅103则有原发甲状腺，其余296则有为原发甲状腺局部肿瘤移往，68则有远端移往。这与常常借助到移往结节的其它TCGA腺脾癌特功能性构成近来。SKCM移往结节常常有着归一化的原发甲状腺，而其它TCGA腺脾癌特功能性尽管常常有移往结节，但都有着归一化的原发结果显示。因此，对于SKCM结果的相关功能性，提议只用作实际总数的原确诊症，尽管SCKM肿瘤移往的III期患病症可先为为独立总括来进行研究课题。

在用作新为基础的TCGA-CDR接收者库时，还必需肯定：潜在混淆状况、竞争性结果的后果及仿真推论。

混杂状况

混杂状况总计存但被排除在仿真之以外时，偏移确实高估或忽略单纯口服。如在乳腺胰脏的种族差别研究课题之中，有色人种与黑奴患病症二者之数间总计存不可或缺的基因备注达差别，然而根据分子结构患病毒功能性来进行微调后，这种差别非常大减缓甚至消失。疗法优点也是潜在的混杂状况，当接收者可借助时应适当慎重考虑微调。疗法没知时，年纪、诊治养老院及诊断年份等基准疗法先为为替代接收者能减缓部分误差。对这方面的议程数据分析，鼓励用作甲状腺标志物预后研究课题提议统计数据（REMARK）。

竞争性结果的后果

测定DSS、DFI和PFI起始站时，要对不能经历不可或缺流血事件且盖因的生还患病症来进行审查。在这种情形，如果推论患病症不能其它死因，那她/他终于仍确实死于腺脾癌指征。然而，在估计疗法等数据分析备注征对继发功能性腺脾癌或心血管结核患病等非指数腺脾癌生还后果的数据分析能力时，该推论不一定可取。

仿真推论

应用Cox人口比则有后果（PH）仿真需体检PH推论。均有案则有以外，大基本上仿真都保证Cox PH推论，但须全面追寻这些爱滋患病以找单单违背推论的缘故，从而对HR动手单单更准确的估计。尽管仍然为清理接收者和关键在于付单单了巨大共同努力，但仍总计存不可或缺的用作限制，访问TCGA诊断接收者都需理解这些限制。

首先，TCGA主要是为分子结构研究课题的设计，最初患病症自由选择来自多个的机构有着适当存货该组织的没疗法原确诊症，因此这些患病症不构成连续功能性。此以外，对于每种有所不同甲状腺特功能性/研究课题，随访接收者不能独立借助。同时，诊断接收者借助的一些规则在过去被迫随着一段时数间的推移而忽略。TCGA - CDR不包括腺脾癌疗法史，并非所有患病症都被注释。因此，量化特定甲状腺特功能性或患病毒功能性的疗法背景强于概况功能性蓝绿胰脏量化。当患病症来进行明确疗法时，受益他用DFI和PFI起始站有效量化。

其次，TCGA结果显示诊断随访根据当地诊所的一段时数间备注，确实为结核患病或特定口腔的开刀和患病童不可或缺生命正常的记录，因此不能TCGA指明的诊断随访计划，仅仅说明了重大项目主要强调的甲状腺分子结构特点。

最后，大部分所有TCGA获得的甲状腺结果显示和遗传物质及分子结构接收者来自新诊患病症原发甲状腺的单个以外皮，由此归因于的遗传物质和分子结构接收者不能在空数间或一段时数间任何方面明确捕获象征性另一患病症结果给定的甲状腺异质功能性。该问题不是TCGA独创的，任何一个系统继发功能性甲状腺研究课题都总计存。

展望

这项工先为是有史以来第一次年初系统地管控TCGA蓝绿胰脏诊断资讯。由此归因于的TCGA-CDR的结果起始站与独立非TCGA研究课题结果完全一致，说明该能源在空同一时数间规模的诊断尺度上发放了生命体太阳黑子新视角。也要认识到TCGA-CDR的内在用作或许及关键功能性指导和中选异议。仍然更加清晰，人类结核患病没来大规模的分子结构研究课题需系统地借助诊断患病理、疗法和原属流血事件接收者，以无视最高基准的诊断研究课题。尽管有其或许，TCGA-CDR发放了基准化接收者库，以及清晰的4个诊断结果起始站导单单，并应对了运动速度问题，从而在蓝绿胰脏和个体高度上来进行转化研究课题。没来接收者研究课题的融合将提高结果二者之数间的可比功能性，能够地说明和支持者重复。

参考资讯

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics